<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote">Subject: [CSRC-SDSU COLLOQUIUM]:  Topological network alignment uncovers biological function and phylogeny<br>To: <a href="mailto:csca@roswell.sdsu.edu">csca@roswell.sdsu.edu</a><br>
<br><br><div dir="ltr"><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">DATE: Friday, September 13th, 2013</font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">TITLE: <span style="line-height:21px">Topological network alignment uncovers biological function and phylogeny</span></font></p>

<p><font face="arial, helvetica, sans-serif">TIME: <span><span>3:30 PM</span></span><br>LOCATION: GMCS 214</font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">SPEAKER: <span style="line-height:21px">Wayne Hayes. Associate Professor of Computer Science. University of California, Irvine</span></font></p>

<p><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:21px">Sequence comparison and alignment has had an enormous impact on our understanding of evolution, biology and disease. Comparison and alignment of biological networks will probably have a similar impact. Existing network alignments use information external to the networks, such as sequence, because no good algorithm for purely topological alignment has yet been devised. In this paper, we present a novel algorithm based solely on network topology, that can be used to align any two networks. We apply it to biological networks to produce by far the most complete topological alignments of biological networks to date. We demonstrate that both species phylogeny and detailed biological function of individual proteins can be extracted from our alignments. Topology-based alignments have the potential to provide a completely new, independent source of phylogenetic information. Our alignment of the protein–protein interaction networks of two very different species yeast and human indicate that even distant species share a surprising amount of network topology, suggesting broad similarities in internal cellular wiring across all life on Earth. </span><br>

</font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">HOST: Dr. Jose Castillo</font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">For future events, please visit our website at:</font></p><p><a href="http://www.csrc.sdsu.edu/colloquium.html" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">http://www.csrc.sdsu.edu/colloquium.html</font></a></p>


</div>
</div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>







<p>Jose E. Castillo  Ph.D.</p><p>Director / Professor </p>
<p>Computational Science Research Center</p>
<p>5500 Campanile Dr</p>
<p>San Diego State University</p>
<p>San Diego CA 92182-1245</p>
<p>619 5947205/3430, Fax 619-594-2459</p><p> <a href="http://www.csrc.sdsu.edu/mimetic-book/" target="_blank">http://www.csrc.sdsu.edu/mimetic-book/</a></p>
</div>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.